08月28 真核轉(zhuǎn)錄組主流程任務(wù)投遞說明

一、登錄百邁客云平臺(tái)

下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺(tái)登錄界面，輸入賬號(hào)密碼登錄。賬號(hào)為手機(jī)號(hào)或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.

 

二、選擇合適的分析平臺(tái)

百邁客云包含農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)兩大類分析平臺(tái)，醫(yī)學(xué)分析平臺(tái)主要針對(duì)人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測(cè)序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學(xué)分析平臺(tái)可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側(cè)導(dǎo)航分析->農(nóng)學(xué)或者醫(yī)學(xué)打開分析平臺(tái)列表頁面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺(tái)，打開其詳細(xì)介紹頁面，該頁面可以看到該平臺(tái)的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺(tái)介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開軟件即可進(jìn)入到參數(shù)頁面。

 

 

三、創(chuàng)建項(xiàng)目名稱

為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報(bào)告的管理，我們將同屬于一個(gè)項(xiàng)目的內(nèi)容會(huì)放到一個(gè)項(xiàng)目中，因此進(jìn)行基本分析時(shí)需要先選擇一個(gè)項(xiàng)目，如果沒有項(xiàng)目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng)建一個(gè)項(xiàng)目，見下圖。

 

 

四、數(shù)據(jù)導(dǎo)入

針對(duì)FASTQ測(cè)序數(shù)據(jù)，選擇文件夾批量導(dǎo)入，雙端測(cè)序數(shù)據(jù)必須分別以_1.fq和_2.fq結(jié)尾，系統(tǒng)便會(huì)自動(dòng)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行配對(duì)，而且多個(gè)目錄中的文件可以分多次導(dǎo)入進(jìn)來一起進(jìn)行分析。（在本公司進(jìn)行測(cè)序的數(shù)據(jù)會(huì)自動(dòng)推送到您的賬戶下，數(shù)據(jù)所在文件夾名稱為合同編號(hào)）

導(dǎo)入數(shù)據(jù)之后，可以根據(jù)自己的需要修改樣品ID，由于此處設(shè)置的ID會(huì)體現(xiàn)在分析報(bào)告和分析結(jié)果中，因此請(qǐng)慎重考慮后再設(shè)置，分析完成后不可再次修改。如果平臺(tái)上還沒有您自己的數(shù)據(jù)，請(qǐng)參考數(shù)據(jù)上傳先將您的數(shù)據(jù)傳到云平臺(tái)上。

 

 

四、基本參數(shù)設(shè)置

一般在這里選擇生信流程版本、設(shè)置報(bào)告名稱等基本參數(shù)，如果對(duì)于參數(shù)設(shè)置沒有特殊要求，推薦使用默認(rèn)參數(shù)。

 

五、選擇參考基因組（有參）

對(duì)于依賴參考基因組序列進(jìn)行分析的平臺(tái)，一定要選擇和分析數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細(xì)信息可以點(diǎn)擊基因組版本詳情進(jìn)行查看。（一個(gè)項(xiàng)目只能使用一個(gè)版本的參考基因組進(jìn)行分析）

 

 

六、基因功能注釋（無參）

1. 組裝方式：

轉(zhuǎn)錄組組裝方式?jīng)Q定了后續(xù)Unigenes庫的構(gòu)建和表達(dá)定量的策略以及分析結(jié)果的可靠性.根據(jù)實(shí)際情況選擇轉(zhuǎn)錄組組裝方式。分開組裝是對(duì)每個(gè)樣品數(shù)據(jù)單 獨(dú)組裝；合并組裝是將所有樣品放在一起組裝；分組組裝適合于不同品種（或者是變異種）的組裝，將相同品種的樣品合并組裝，然后將每組的組裝結(jié)果 進(jìn)行合并去冗余。合并組裝獲得的Unigene庫更完整、冗余度更低,因此Trinity官方亦推薦使用合并組裝，以便進(jìn)行后續(xù)的表達(dá)定量和差異表達(dá)分析.

2. 注釋物種

為了提高注釋分析的效率(縮短比對(duì)比對(duì)時(shí)間)以及獲得有效的注釋信息,在選擇注釋物種時(shí),應(yīng)盡量選擇包含物種最確切的數(shù)據(jù)庫.（如果分析物種為真菌類，一定要選擇真菌選項(xiàng)，否則會(huì)影響組裝效果）

 

 

七、差異分組設(shè)置

根據(jù)實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)以及樣品信息，進(jìn)行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇（此處的參數(shù)和差異分組在后期報(bào)告?zhèn)€性化中可再次進(jìn)行修改）

 

八、生成標(biāo)準(zhǔn)分析報(bào)告

參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數(shù)，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數(shù)進(jìn)行修改后再次分析；一切準(zhǔn)備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計(jì)算集群上，根據(jù)不同分析平臺(tái)、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時(shí)到3周的時(shí)間完成項(xiàng)目分析，獲取到標(biāo)準(zhǔn)分析報(bào)告。

報(bào)告查看，點(diǎn)擊項(xiàng)目（管理）?->?我的項(xiàng)目打開項(xiàng)目列表，找到之前提交任務(wù)時(shí)選擇的項(xiàng)目，點(diǎn)擊項(xiàng)目名稱打開該項(xiàng)目，即可看到新生成的分析報(bào)告記錄，點(diǎn)擊報(bào)告名稱查看詳細(xì)報(bào)告。

點(diǎn)擊報(bào)告右上角的項(xiàng)目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報(bào)告、PDF報(bào)告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報(bào)告只包括分析報(bào)告的html文件及一個(gè)src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報(bào)告是根據(jù)HTML報(bào)告轉(zhuǎn)換而來，方便您進(jìn)行報(bào)告打??；結(jié)果數(shù)據(jù)包含了項(xiàng)目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會(huì)通過FTP進(jìn)行下載，請(qǐng)耐心等待下載。